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在自然界中很難有微生物純種群存在，微生物種群的多樣性構成自然環境的特點。基于生態系統中的種間關系、生物多樣性、群落結構、演替及進化，近20年來發展起來的生態位理論，強調生物有機體在群落中的功能作用，認為各種生物都具有其特定的生態位，不同生物群落之間生態位的重疊與競爭，有時可以形成超產，即混種后的總生產力大于物種單獨時產量的簡單加和。超產是生物多樣性的一種表現，說明多樣性有利于增加生態系統的功能。某些時候混菌發酵往往是具有單菌發酵所不具有的優勢。問題的關鍵是如何去獲取這種適合需要的菌種混菌生產配伍。

作為混菌生產配伍的最基本的要求，是從生物多樣性及有不同微生物菌群具有不同的營養生態的原理出發，使菌種之間不能相互抑制。

菌種的篩選還要符合下列條件

1）繁殖速度快，菌體蛋白含量高。

2）能較好同化基質碳源和無機氮源。

3）無毒性和致病性。

4）菌種性能穩定，抗雜菌能力強。

5）對環境的適應能力強。

最后配菌種的選擇，應根據所要發酵的物料的性質進行篩選，應針對不同的發酵原料進行配伍菌種的篩選，不能機械地照搬套用。利用生物技術選育出更好的菌種，充分利用目前餐廚廢物中的蛋白資源作為飼料資源，可以加速我國畜牧業和飼料工業的發展。

深圳市微米生物技術有限公司是餐廚、廚余、果蔬類有機垃圾資源化利用和無害化處理解決方案提供商、專用設備制造商及項目投資運營商。主張有機垃圾通過微生物高溫好氧快速降解堆肥技術先就地無害化、減量化處理，后集中資源化、市場化利用。致力于建設生態、健康、綠色、共享的環農一體化循環經濟生態鏈。